Коллекция «Дерево» начала формироваться с первых дней существования музея. Уже в Каталоге Публичного музея 1905 года были указаны деревянные земледельческие орудия, орудия рыболовного промысла, предметы домашней обстановки и хозяйства.

В настоящее время коллекция насчитывает около 3700 единиц хранения. Хронологические рамки собранных экспонатов XVII – XXI века.

Наиболее яркими и значимыми являются подборки берестяных изделий (представленных лопарскими скатертями, солониками разнообразной формы, туесами, кузовами, коробушками, шкатулками и игрушками), кукол-панок, резных и расписных рубелей и вальков, грабилок для сбора ягод, трепал, набойных досок, швеек и прялок.

Есть в коллекции и редкие в музейных собраниях брачные венцы из бересты и луба XVII-XVIII веков; карета «Берлин» XVIII века – царская реликвия дома Романовых; крест, установленный Петром I; деревянные резные календари, когда-то распространенные по всему северу европейской части России; ненецкие идолы, бирки для скота, расписные грабли…

Предметы коллекции вызывают неиссякаемый интерес исследователей – ученых, искусствоведов, мастеров, сохраняющих традиции народных ремесел.